المجلس الوزاري
يتألف مجلس الوزراء من الوزراء المسؤولين عن شؤون المرأة في الدول الأعضاء أو من يمثلهم، أو من يشغلون مناصب مماثلة برئاسة أحد الوزراء. يجتمع المجلس بصفة دورية كل عامين، ويمكن الدعوة لانعقاد دورة استثنائية بناء على طلب أي من الدول الأعضاء وموافقة ثلث الأعضاء. ويضع المجلس السياسات العامة للمنظمة.
المكتب التنفيذي
يتألف المكتب التنفيذي من الرئيس الحالي للمجلس والرؤساء السابقين واللاحقين والرئيس المقرر وممثل دولة فلسطين. وتندرج ضمن المهام الرئيسية للمكتب الإعداد لاجتماعات المجلس وتنظيمها، والوساطة في عملية صنع قرار تتسم بالشفافية، والتشجيع على الحوار. كما أن من مهامه المنوطة به إلقاء الضوء على القضايا والتوصيات التي تتطلب نظر المجلس واتخاذ إجراءات بشأنها.
المدير التنفيذي
يتولى المدير التنفيذي إدارة شؤون المنظمة من خلال تنفيذ سياسات وقرارات المجلس ومتابعتها وتنفيذ البرامج والخطط والمشروعات التي يقرها المجلس.
الأمانة التنفيذية
هي الجهاز التنفيذي للمنظمة الذي يتولى المهام والمسؤوليات الموكلة إليه من قِبل المجلس وفقًا لأحكام النظام الأساسي وفي إطار خطط العمل التي يقررها المجلس. تقدم الأمانة التنفيذية المساعدات اللوجستية والفنية والمعلوماتية اللازمة لممارسة المجلس مهامه وصلاحياته المتمثلة في اتخاذ القرارات اللازمة وفقًا لأحكام النظام الأساسي للمنظمة فيما يتعلق بتحقيق الأهداف المنصوص عليها في خطة عمل المجلس.